Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) Universitas Mataram (Unram) secara formal awalnya berbentuk Unit Pelayanan dan Pengkajian Ilmu-ilmu Dasar (UPPID). UPPID dibentuk berdasarkan Surat Keputusan (SK) Rektor Unram No. 136/PT21.H/H.01.12/1989 tanggal 4 Januari 1989 yang secara khusus bertugas menyiapkan pembelajaran ilmu dasar di Unram. Sebagai tindak lanjut dari kebijakan tersebut, Unram membangun fasilitas laboratorium dasar (Laboratorium Biologi, Kimia dan Fisika), yang diikuti dengan pemusatan praktikum ilmu-ilmu dasar di UPPID. Pada tahun 1996, UPPID berubah status menjadi Unit Pelayanan Teknis Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (UPT-MIPA), berdasarkan SK Rektor No. 10933/J18.H/HK.01.11/1996, tanggal 8 Nopember 1996. Pada tahun 2001, terbentuklah program studi Biologi yang merupakan cikal bakal Fakultas MIPA berdasarkan surat keputusan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi No 2290/DT/2001 tanggal 4 Juli 2001 dan pada tanggal 25 Agustus 2007, terbentuklah Fakultas MIPA dengan SK bernomor 10.147/H18/HK/2007. Fakultas MIPA yang terbentuk terdiri dari empat program studi, yaitu Kimia, Fisika, Matematika dan Biologi. Pada tahun 2020 FMIPA menambah PS baru, yaitu PS Ilmu Lingkungan berdasarkan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 45/M/2020.
Pada tahun 2011 program studi Biologi FMIPA Universitas Mataram mengajukan status akreditasi ke Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT). Berdasarkan penilaian portofolio dan visitasi untuk menilai proses manajemen akademik, proses pembelajaran dan saran/prasarana pendidikan, program studi Biologi memperoleh status akreditasi B dan pada tahun 2017 status akreditasi program studi biologi berubah menjadi A. PS Biologi FMIPA Unram memiliki bidang riset ungulan biologi Kawasan Sunda Kecil.